Служебният министър Кирил Петков си е върнал контрола върху дейността на Националния иновационен фонд. Предходното правителство реши фондът от 1 юли да се премести от Изпълнителната агенция за насърчаване на малките и средните предприятия (ИАНМСП) към създадената през 2020 г. Държавна агенция за научни изследвания и иновации. Агенцията е структура под шапката на Министерсксия съвет и ще управлява новата Програма за научни изследвания, иновации и дигитализация през периода 2021 - 2027 г. в размер на 1,3 млрд. лв.  Петков настоява цялата агенция да мине под шапката на икономическото министерство, но засега действия в тази посока няма. Иновационният фонд обаче се връща обратно в агенцията за малки и средни предприятия, става ясно от одобрени от правителството промени в устройствените правилници на структурите, свързани с управлението на парите за иновации.  

Ако се изхожда от написаното на хартия, фондът от един месец се управлява от подопечната на МС Държвана агенция за иновациите. Икономическото министерство е закъсняло с предложението за обратното му връщане и е пуснало за обсъждане съответните нормативни промени в деня, в който фондът е спрял да бъде под шапката на агенцията за малки и средни предприятия и се е преместил към МС. За да компенсира това закъснение, екипът на Кирил Петков е искал измененията да влязат в сила със задна дата от 1 юли, но това не е било прието при окончателните юридически редакции на текста. Така преместването на фонда обратно към ИАНМСП се отлага за август месец.

Не е ясно дали това не е довело до купища ненужна бумащина по миграцията - прехвърлянето на фонда би следвало да е станало със споразумение между двете агенции, а сега следва да се подпише второ споразумение - за връщането му обратно под шапката на икономическото министерство. Не е ясно дали се е стигнало и до изменения на договори с трети страни. Бюджетите на съответните структури със сигурност са променени - бюджетът на МС първо е увеличен с 4,5 млн. лв. - бюджетът на фонда за 2021 г. за конкурсни сесии, а сега се намалява със сходна сума - 4,7 млн. лв., заради прехвърлянето на парите към икономическото министерство. Прехвърлянето на фонда в обратна посока е аргументирано с нуждата от спешни мерки за подкрепа на иновативността на предприятията. 

Не е ясно дали служебният министър на икономиката възнамерява да предприеме действия за промени в правилника на голямата агенция за научни изследвания и иновации, така че да я подчини на икономическото министерство вместо на правителството. Според Петков не е редно агенцията да стои "самотно" в МС, а трябва да мине към икономическото министерство, което управлява и други структури с отношение към иновациите. Доброто дългосрочно управление на тази агенция следва  да се гарантира чрез създаване на общ борд с МОН и привличането на световно известни български учени, счита Петков. 

Структурирането на агенцията под шапката на МС обаче не е случайно. Според предходния кабинет политиката в сферата на научните изследвания и иновациите страда от липса на фокус, като вина за това има и разпокъсването на правомощията между две министерства и няколко други структури. С такива мотиви правителството реши да създаде централизирана структура като част от администрацията на МС, която да координира всички дейности. В решението за създаване на агенцията като структура под шапката на МС се твърди, че сходна препоръка е имало отправена още от 2015 г. от Главна дирекция "Научни изследвания и иновации" на ЕК.  "Сега" зададе допълнителни въпроси към икономическото министерство за повече детайли по идеята на министър Петков за преместване на агенцията и управлението на новата оперативна програма, но не получи отговори.